Заслуженный деятель науки РСФСР, доктор медицинских наук, профессор Е. М. Гофунг в 1921 г. организовал при Харьковском медицинском институте один из первых одонтологических факультетов на Украине, деканом, которого был несколько лет. В 1931 г. по инициативе Е. М. Гофунга одонтологический факультет был преобразован в Харьковский стоматологический институт. С 1931 по 1941 год Е. М. Гофунг был проректором по учебной и научной работе института и на протяжении 22 лет (с 1921 по 1943 год) возглавлял кафедру терапевтической стоматологии. С 1943 по 1944 год заведовал кафедрой терапевтической стоматологии Московского стоматологического института.
В 1910 г. было написано руководство Е. М. Гофунга «Основы протезного зубоврачевания», в котором автор последовательно раскрыл этапы изготовления зубных и челюстно-лицевых протезов, обращая основное внимание на вопросы артикуляции, подготовки полости рта к протезированию, сохранению корней и использованию их при восстановлении штифтовыми зубами и коронками.
В монографии «Проблема артикуляции в теории и практике» (1913) Е. М. Гофунг дал определение окклюзии и артикуляции: «Под окклюзией надо разуметь соотношение зубных рядов между собою в момент покоя, причем обе челюстные головки покоятся на дне суставных ямок … Артикуляция же – это соотношение зубных рядов при естественных движениях нижней челюсти». В работе «Основы протезного зубоврачевания» (1929) Е. М. Гофунг отмечал: «Государственное массовое протезирование должно выработать показания и противопоказания … оно должно также изыскать пути к удешевлению массового изготовления протезов, которые гарантировали бы оздоровление населения».
Е. М. Гофунг внес большой вклад в разработку показаний к протезированию. Дискутируя с Н. И. Агаповым и Б. Б. Брандсбургом, уделявшим основное внимание расчету жевательных единиц «без учета индивидуальных особенностей прикуса, состояния пищеварительного тракта и т. п.», Е. М. Гофунг в разделе «Показания к протезированию» учебника «Ортопедическая стоматология» Н. А. Астахова, Е. М. Гофунга, А. Я. Катца (1940) писал: «Показание должно быть построено на тщательном всестороннем исследовании больного: вытекает это показание преимущественно из оценки состояния полости рта и зависит не от количества утраченных зубов, а от состояния оставшихся зубов, их расположения, фиксации, антагонируя и т. п.». К абсолютным показаниям к протезированию Е. М. Гофунг относил все дефекты передних резцов и клыков – независимо от профессии, отсутствие двух моляров (6 и 7) с каждой стороны, особенно при пародонтозе; отсутствие всех премоляров и моляров на одной челюсти; отсутствие всех зубов при прямых прикусах; отсутствие даже небольшого количества зубов при наличии пиореи.
Методы снятия слепков нашли отражение в классификациях слепков при протезировании беззубых челюстей. Е. М. Гофунг различал: протезный, ортодонтические и ортопедические оттиски. В свою очередь, протезный оттиск он подразделял на анатомический и «физиологический или функциональный». В 1930 г. Е. М. Гофунг определил позицию советских стоматологов к пародонтозу как к хроническому заболеванию пародонта эндо- экзогенного происхождения, сопровождающемуся прогрессирующей деструкцией зубной связки и альвеолярного края челюсти, расшатыванием зубов и их выпадением.
Е. М. Гофунг и его школа дали всесторонний анализ проявлений местной инфекции в зубе, обратив при этом особое внимание на разработку вопросов клиники и терапии. Для школы проф. Е. М. Гофунга характерно сочетание глубоких гисто-морфологических исследований с тонким клиническим описанием и разработкой техники лечения заболеваний. Изучая вопросы развития инфекции в пульпе и периодонте, Е. М. Гофунг впервые установил новый, весьма важный факт – наличие в пульпе и периодонте элементов ретикуло-эндотелиальной системы. Проф. Е. М. Гофунг – автор 70 научных работ, в том числе автор и соавтор 11 учебников, руководств и монографий.